Jean Népomucène est né vers 1340 en Bohême, non loin de Pilsen, dans la petite ville de Pomuk aussi appelée Nepomuk, d’où son nom de « Népomucène ». Sa famille n’est pas noble. Son père est peut-être berger. On sait que Jean est ordonné prêtre en 1373 et il entre dans la chancellerie épiscopale. On ne tarde pas à remarquer ses qualités et, malgré son absence d’origine noble, il est nommé chanoine de cathédrale Saint-Guy de Prague, et même finalement vicaire général de l’archevêque, Jan z Jenštejna. C’est à ce poste que commencent ses ennuis avec le roi Venceslas IV de Bohême. 

Le roi nourrit en effet le projet de créer un nouveau diocèse pour diminuer l’autorité de l’évêque de Prague. Pour cela, il a l’intention d’utiliser abbaye de Kladruby et d’y nommer un des hommes acquis à sa cause. Au moment où le siège de père abbé est vaquant, il interdit de procéder à l’élection de son successeur. Cependant les moines désobéissent et élisent leur nouvel abbé. Jean Népomucène prend leur défense et s’oppose donc frontalement au roi. Celui-ci fait mettre en prison les deux opposants, Jean et l’abbé fraîchement élu. Il fait torturer Jean par le feu et, finalement le 20 mars 1393, il meurt martyr, jeté du haut du pont Saint Charles dans le fleuve Vltava appelé aussi la Moldau. 

Une légende tardive attribue le martyre de Jean Népomucène à son refus de trahir le secret de la confession. Confesseur de la reine, il aurait refusé de révéler le contenu de la confession à son mari soupçonneux.