Marguerite est née en Toscane vers le milieu du XIIIe siècle dans le bourg de Liviano, dans le diocèse de Chiusi. Devenue une très belle jeune femme, elle est remarquée par le comte de Montepulciano qui entame avec elle une relation intime qui va durer 9 ans. Pendant ces années, Marguerite vit dans le luxe et met au monde un petit garçon. En 1277, le comte de Montepulciano est assassiné. Marguerite le retrouve déjà bien avancé en décomposition sous un tas de bois. C’est un électrochoc. Elle comprend que ce monde est passager et que nous sommes tous appelés à retourner à la poussière. Elle décide de rentrer chez son père en promettant de faire pénitence, une pénitence publique. Elle va vivre tout le reste de sa vie dans le repentir, la prière et le sacrifice. Elle finit par être acceptée dans le Tiers-Ordre franciscain. 

Elle est favorisée de grandes grâces spirituelles : elle reçoit les visites de son ange gardien, elle a des visions et des révélations, elle converse habituellement avec Jésus. Elle prie aussi pour les âmes du purgatoire. 

Après 23 années de pénitence, Marguerite rend son âme à Dieu le 22 février 1297 et elle est enterrée à Cortone dans l’église des Cordeliers (c’est-à-dire des franciscains), d’où son nom « Marguerite de Cortone ». D’innombrables miracles ont lieu sur sa tombe. Elle est la patronne des mamans célibataires.